處於壓力下時，大腦前額葉皮層便自動失能。超覺重新啟動它。

藉最近關於大腦功能的各種新發現，我們現在可以對壓力如何干擾大腦正常運作且增加衝動行為的情形加以說明。                                                                                  

 大腦的正常運作

前額葉皮層位於眼睛上方，負責我們的「高級思考活動」，包括長期規劃、衝動控制、判斷事情對錯。此一部份有時也被稱為是「大腦的首席執行官」，因為大部份的決策都是在這裡進行的。人類之所以異於禽獸，大腦的前額葉皮層便是主要關鍵之一。

大腦正常運作的話，信息的流動便像這樣：信息透過各個感官進入，然後被送到前額葉皮層加以處理。接著，決定被做出來並且被送到運動神經的部份去驅動相關肌肉加以回應。                                                                              

壓力下的大腦運作方式

在有壓力的情況下，上述的信息流動方式便會改變。信息會繞過前額葉皮層而從各個感官直接流向運動神經的部份。我們的大腦為什麼以這種方式進化，有很好的理由。比如說，我們過馬路時看到一部車子急駛而來；這時，我們要不假思索便立即迅速反應。沒有時間可以思考。我們必須以衝動的方式立刻跳開。因此，大腦中有這樣的機制，乃是為了在受到威脅時能起保護作用。

長久以來，大家都知道，情緒不穩定與壓力有關。而現在研究者已經可以對此提出非常清楚的科學解釋。壓力造成大腦前額葉（即大腦負責穩定情緒的部份）自動失能。（關於壓力如何影響大腦的更多資訊，請參閱 衝動 。）長期壓力會造成主宰恐懼與憤怒等情緒的杏仁體被鎖定在「開」的位置。

超覺啟動大腦前額部份

超覺對大腦的作用正好與壓力對大腦的作用完全相反——超覺確實會提高前額葉皮層的活動。

超覺時，身體進入一種深度的休息狀態，這便使身體得以消除甚至是最深度的緊張，進而使大腦前額部份變得更加活躍。這都是可測量的。例如：通過神經造影掃瞄術，便可測量大腦血流量。丘腦的活動（與身體功能有關）減少，便顯示處於一種放鬆的狀態。此時，前額葉皮層的活動也隨之提高。

練習超覺靜坐而體驗到超覺時最獨特的結果便是大腦的這些變化。其他大部份靜坐方法或放鬆技術所達成的一般放鬆狀態下，並未顯示大腦有同樣程度的變化。

超覺時，前額的部份不但被啟動，它也跟大腦其他部份協調起來。於是，原本因壓力而受阻的大腦不同部位間的聯絡也恢復了。上述情況可通過腦電波(EEG)協調性的測量法加以測量得知。如需更多資訊，請參閱 超覺 = 全腦開發 。最近的研究顯示，情緒穩定度也與腦電波協調性有關。而超覺也對腦電波協調性能起強大的正面作用。

體驗超覺是提高內在和平與情緒穩定度的有效方法之一。

超覺對大腦的作用正好與壓力對大腦的作用完全相反。超覺可以提高大腦前額部份的活動，並讓杏仁體從不斷被鎖定在「開」的狀態中解放出來。我們越常體驗超覺，大腦就越習慣於這種經驗中，因此而提高了情緒的穩定度。